1、主要参数控制
一般空调系统侧重温度、湿度、空气新鲜度的控制，而洁净空调系统除此之外还要求控制室内空气的含尘量、风速、换气次数等。
2、空气过滤措施
一般空调只有粗效过滤、一级过滤，要求较高的有粗效、中效二级过滤，而洁净空调系统要在有些洁净室中，还设有滤毒吸附过滤。
3、室内压力要求
一般空调对室内空气无特殊要求，而洁净空调系统为避免外界污染空气的渗入或不同生产车间不同物质的相互影响，对不同洁净区的正压值均有不同的要求，在负压洁净室内尚有负压值的控制要求。
4、洁净空调系统材料和设备的选择要求
洁净空调系统材料和设备的选择、加工工艺、加工安装环境、设备部件储存环境，为避免被外界污染，均有特殊的要求，为也是一般空调系统所没有的。
5、对系统气密性的要求
一般空调系统对系统气密性、渗气量虽有要求，但洁净空调系统的要求更高，其检测手段、各工序的标准均有严格措施及测试要求。
6、对建筑和其它专业的要求
一般空调房间对建筑布局、热工等方面有要求，但对选材及气密性要求不是很注重，而洁净空调对建筑质量的评价，除一般建筑的外观等要求外，还对防尘、防起尘、防渗漏有严格要求。
