一般来说，白糖和食用油都经过了多道工序加工、精炼而成，且都有比较严密的包装，故这两种原料的微生物指标一般都能符合标准要求。而糕点生产所用的面粉、大米、豆类等原料，因为都是初级加工品或者是未经加工的农产品，且包装简陋，如果储存条件差或者储存时间过长，这些原料极易感染大量的微生物而发霉变质，有些微生物还是致病菌，会产生很毒的代谢物质。用这样的已经遭受微生物严重污染的面、米、豆等原料制作出来的糕点，其卫生质量极有可能不合格；即使经过后面的烘烤或蒸煮等高温加热方式处理，最终产品的会合格，但某些致病性的微生物产生的强毒素也会残留在糕点中，会对人体的肾脏、心脏、肝脏等重要器官产生毒害。所以，在糕点生产过程中，一定要选择卫生质量良好的原料，坚决不用发霉、变色、变味的原料，以生产出安全健康的产品。
在对空气杀菌过程中，常用的几种方法为紫外线、化学熏蒸等。这几种方法虽然对空气净化有一定的效果，但都有一定的缺陷：1.紫外线的杀菌距离过短，且存在死角。由于过量的紫外线对人体健康有害，所以，这种方法不能在有人生产的情况下使用。2.用化学药物喷洒或熏蒸灭菌，对微生物有较强的杀灭作用。但这种方法的缺点很多：1）化学药物有强烈的气化作用，且刺激性很强，只能在无人生产的情况下使用。2）易造成二次污染，化学药物会残留在食品中，导致残留量超标。3）化学消毒剂易与其他有机物发生反应，形成难以被自然环境降解的致癌物质，对操作人员的皮肤、神经系统、肠胃及呼吸道产生的不良影响很大，长期如此，操作人员容易患毒害性职业病。3.臭氧对有害菌的杀灭有特效，且可减轻车间内的异味，但只能在车间内无人工作的情况下进行：因为，过多的臭氧对人体健康有害。另外，过量的臭氧对食品生产设备、工器具，也会产生强氧化和腐蚀作用。
