一般空调厂房是对温、湿度、风速、空气成份等要进行控制; 洁净车间除空调厂房参数以外重点要控制空气中的粒子浓度，保持洁净度。
2:过滤手段不同
一般空调厂房采用粗、中效过滤和热湿交换设备;洁净车间除采用空调厂房手段外还要进行高效超高效过滤器过滤，对空气中活的粒子还要灭菌、消毒，保证洁净车间空气清洁。
3:送风量不同
一般空调厂房降温8-10次/H换气，恒温房间10-15次/H换气;单向流洁净车间400-600次/H换气，非单向流洁净车间15-60次/H换气，送风量比一般的厂房要大很多。
4:车间内压力不同
一般空调厂房内应有正压，但不是重要的指标;而洁净车间内必须有正压，防止外部灰尘渗入，内部污染物逸出影响产品质量，出于安全维持负压，做到三个方面保护，保障洁净车间正常运行。
5:维护管理不同
一般空调厂房定期检测温度、湿度就可以了;洁净车间除温、湿度监测以外还要定期检测洁净度，检测要求严格。
6:能量消耗不同
一般空调厂房制冷量是100~200W/m2，耗电量50~100W/m2;洁净车间的制冷量达到400~1200W/m2，耗电量150~1500W/m2，比一般空调厂房高出非常多。
7:人物进出的控制不同
一般空调厂房对人物进出没有特别控制手段;而进出洁净车间，工作人员进入要经过换鞋、更衣、吹淋有时还要淋浴，货物进入要擦试，吹淋等，且洁净车间是人流、物流分开、做到洁污分流，防污染。
